根据《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》，高新技术企业认定的部门是科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组（以下称“领导小组”），领导小组下设办公室（设在科技部火炬高技术产业开发中心），负责处理日常工作，并负责网上填报资料的审核。
省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政部门、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构（以下称“认定机构”），认定机构下设办公室（设在省级、计划单列市科技行政主管部门），由科技、财政、税务部门相关人员组成，负责处理日常工作，并负责纸质材料的审核。